Впервые о компании «Экология-Новосибирск» стало известно в 2016 году, когда она стала концессионером по строительству двух мусорных полигонов. Так называемая «мусорная» концессия стала причиной многочисленных конфликтов — жители Новосибирского района, экологические организации и общественники требовали остановить строительство свалки в бассейне реки Издревой. Врио губернатора Андрей Травников неоднократно заявлял о том, что концессия будет приостановлена, однако официального документа по этому поводу так и не появилось.
Выбор регионального оператора, которому предстоит заключить договоры на обслуживание почти 15 тысяч многоквартирных домов, 306 тысяч домов частного сектора и около 30 тысяч юридических лиц, а также провести торги и заключить соглашения с субподрядчиками, также не обошелся без скандала, вышедшего в публичную плоскость. Скандал был связан с участием ООО «Экология-Новосибирск» в этом конкурсе. Так, выступая на сессии Законодательного собрания, заместитель председателя комитета по строительству и ЖКХ, член фракции КПРФ Вадим Агеенко , обращал внимание на нарушение антимонопольного законодательства в пользу концессионера. Тогда депутат-коммунист заявил о сговоре между правительством НСО и «Экологией-Новосибирск».
Тем не менее, 25 июля пресс-служба группы «Вис», куда входит «Экология-Новосибирск» сообщила о том, что подписано соглашение на 10 лет между компанией и министерством ЖКХ Новосибирской области, согласно которому компания будет являться региональным оператором по обращению с твердыми отходами. Как подчеркнул Вадим Агеенко, сам факт подписания соглашения сенсацией не является — компания выиграла конкурс:
— Итоги конкурса подведены, они были единственными участниками, они победили. Победили по конкурсу. Мы говорили 2 года, документацию показывали, указывали, что концессия не была расторгнута, чтобы «Экология-Новосибирск» победила. Новость только в том, что соглашение подписано в отведенное время. Если бы они не подписали, то конкурс был бы отменен и начался новый. Будем смотреть, как они будут работать.